Para colaborar, facilitar y acompañar el cierre de la primera fase del Programa Orígenes-Mideplan, Juan Francisco Fernández Villaseca asumió formalmente el 1° de septiembre, como nuevo secretario ejecutivo de esta iniciativa de gobierno para el desarrollo integral de las comunidades indígenas del país. Fernández es ingeniero agrónomo y master en Economía Agraria de la Universidad Católica de Chile. Desde 2002 se desempeñaba como coordinador nacional del Componente de Desarrollo Productivo del Programa Orígenes, cargo que ocupó luego de ejercer durante siete años, la jefatura de Prodecop-Secano, proyecto ejecutado por Indap con apoyo financiero del Banco Mundial, para el desarrollo de comunas pobres de las regiones V, VI y VIII. Su amplia experiencia en desarrollo rural, que ha acumulado en una década de trabajo activo en gestión, diseño y evaluación de proyectos con campesinos y comunidades indígenas, le avalan para encabezar la última etapa de Orígenes y guiar el inicio de una segunda fase que se iniciaría el próximo año. Cobijado administrativamente por el Ministerio de Planificación desde el año 2001, el Programa Orígenes es parte de la política indígena que -durante quince años de democracia- ha promovido una nueva forma de relación entre el Estado y los pueblos originarios.

En su primera etapa de ejecución, la institución centró su acción en 645 comunidades de localidades rurales de las regiones I, II, VIII, IX y X, y ayudó a 24.500 familias y 65 mil escolares indígenas. A diciembre de 2004, el organismo había materializado 4.091 proyectos en todas las regiones focalizadas, con una inversión total de 24 mil 880 millones de pesos.

Hasta agosto de 2005, el Programa fue dirigido por Enzo Pistacchio Sassarini, quien dejó el cargo a mediados de esta semana para enfrentar la jefatura territorial del comando político de la candidata presidencial, Michelle Bachelet.